故事发生在战国时代。出生于普通忍者家庭的猪名寺乱太郎为不负父母的厚望成为精英忍者而进入学忍术学校。在那里认识了富商的儿子福富しんべヱ和战争中丧失父母的摄津のきり丸，并成为好友，组成了三人组。每集内容主要讲述三位忍蛋（小忍者）在忍者学校所发生的趣事。电视系列剧曾先后在中国大陆、台湾、香港播映。忍术学校的目的是培养小忍者。在忍术学校里有不同学科的教授，性格各异的老师，高年级的天才忍者，女忍者，还有忍犬ヘムヘム，古怪的校长大川平次涡正，非常之热闹！乱太郎们三人组在上课和考试中常常失败，并且总是在问为什么，但他们仍坚持着并立志成为一流的出色忍者。忍术学校的校长的变幻无常，总是作出奇奇怪怪的决定，因而发生了许多有趣的故事，乱太郎等也常卷入各种各样的事件。小忍者们充满正义感，面对任何困难都努力解决。《忍者乱太郎》是一部日本的动画影集，改编自尼子骚兵卫原作的漫画《落第忍者乱太郎》。