知名製藥公司-泰達羅斯（Daidalos）的總部發生了一場爆炸案，一個少年被困在崩落的鋼架中無法脫身，生命危在旦夕。此時，在以不追究無照醫療行為的條件下，黑傑克進行了一場任誰都無法想像的「外科手術」…
堪称动画史上的最强对决到来！传奇大盗鲁邦三世（栗田贯一配音）和他的战友次元大介（小林清志配音）、石川五卫门（浪川大辅配音）来到东京，以怪盗基德之名挑战日本警察和柯南（高山南配音）。在此之后，鲁邦高调寄
赛亚人余党帕拉格斯带着他的儿子布罗利大肆破坏南银河，最终父子二人降临地球，请求贝吉塔登基成为新贝吉塔行星的国王。利令智昏的贝吉塔相信了他的请求，为了建立宇宙最强大的帝国，他随帕拉格斯父子前往新贝吉塔行
