100年前，沙漠之都迪塞尔市因为宝可梦之间的战斗而遭受严重破坏。那场战斗的起因是由于一只精灵宝可梦的存在。但是，这只精灵宝可梦后来被某人封印了，现在的城市也找回了曾经的平静在小智与皮卡丘一行人的旅途中
位于卡洛斯地区有一座和谐宁静的地下王国——钻石王国。调皮可爱的精灵公主蒂安希（松本真理香配音）备受宠爱，然而她似乎并未拥有让维持着王国运行的神圣钻石继续产生能量的能力，为此她在长老的指点下启程前去寻找
小智和皮卡丘等一行伙伴在旅途中前行。某日，宝可梦波尔凯尼恩从天而降并被迫与小智锁在了一起。波尔凯尼恩与被人类伤害过的宝可梦们共同生活，因此非常讨厌人类，但这条神奇的锁链却让他们无法分开，奇妙的故事就此
