故事的舞台是在战争中被破坏的基地殖民地、飘荡着大量战舰的残骸的“Thunderbolt宙域”，宙域是对ZEON公国要塞“ABaoAQu”的补给道路，为了夺回宙域，地球连邦军和ZEON公国展开了激烈的战
在世界各地旅行并收购贩卖物品的旅行商人克拉福•劳伦斯在经过正在庆祝收获节的帕斯罗村后离开，却在自己堆满麦束的货车上发现了正在睡觉的少女。少女有狼的耳朵和尾巴，更有美丽的脸庞，她自报家门称自己是掌管丰收
在艾伦他们居住的帕拉迪岛之外，还存在一个其他人类居住的世界。当中一个国家「玛雷」与其他各国爆发战争。陷入苦战之际，他们决定要攻进帕拉迪岛，把「始祖的巨人」抢过来。在这里又看到另一群孩子们拼命求生存的身
